frøsnappere


Hovedkoordinat-analyse af gamle danske ærter
Hovedkoordinat-analyse af gamle danske ærter
(klik på billedet for at se de mere tydeligt)

Så blev jeg endelig færdig med at skrive på en lille rapport om de gamle ærter i laboratoriet.
Rapporten ligger her: 2010 Resultat af ærteforsøg (DNA)

Når man læser resultaterne, så er det altafgørende at forstå, at vi med denne undersøgelse kan afgøre, om nogle af ærterne er genetisk forskellige, men vi kan ikke afgøre om de er genetisk ens. Vi har jo kun undersøgt nogle små bidder af det samlede DNA.
De ærter der ser ens ud, er enten identiske eller forskellige, vi ved det ikke!

Øverst er vist hovedkoordinat-analysen. Den giver et godt visuelt billede af spredningen i vores sorter. Der var lagt nogle gamle svenske sorter ind, da de er blevet undersøgt tidligere. Det giver nogle referencepunkter til tidligere undersøgelser.

Hovedkoordinat-analysen bygger selvfølgelig på nogle meget konkrete data, nemlig længden af de mikrosatellitter vi undersøgte.


Tabel. Viser længden af hver mikrosatellit.

Mikrosatellitterne vi målte har bogstavnavne. A9 – D21 – AC58 – C20 – AA5 – AC75. Vi undersøgte 6 forskellige, men den ene ville ikke fungere, den anden var helt ens i alle sorterne, og derfor uinteressant. De sidste fire viste forskelle. Hver mikrosatellit blev målt to gange.

Jeg ender med at konkludere:

Der er altså sorter, som vi nu ved er forskellige fra alle andre.
Der er også grupper af sorter, hvor vi bør undersøge, om vi f.eks. kan finde fænotypiske forskelle. Det er en stor fordel, at det nu er klart afgrænset, hvilke sorter der skal sammenlignes ved f.eks. dyrkningsforsøg. Der er nok også sorter, der er identiske med hinanden. Det er dog ikke noget der kan afklares ved dette forsøg, som kun egner sig til at finde forskelle i de 4 områder (mikrosatellitter) vi fik brugbare resultater fra. Om de er identiske i mange flere mikrosatellitter kan vi ikke vide, før vi laver et nyt forsøg!

Læs videre i rapporten 2010 Resultat af ærteforsøg (DNA)

Se også den excel fil vi fik tilsendt. Det er lidt mere krævende læsning 🙂


Flattr this

DSC_0001-2
Ærteskud af gamle sorter i laboratoriet på KU-Life (Copyright Ingrid Nolde)

Sidste weekend var jeg med Frøsamlerne inde i laboratoriet på Institut for Jordbrug og Økologi (Landbohøjskolen). Gunter Backes og Jihad Orabi ledte os igennem en undersøgelse af vores gamle ærtesorter. Det blev en fantastisk og lærerig weekend!

Som forberedelse havde vi dyrket ærter i 3-4 uger, så de var klar til analyse. Vi skulle bruge blade, der ikke havde fået for meget lys. Klorofyl kan gøre det vanskeligere at udtrække DNA materialet fra resten af bladvævet. For en sikkerheds skyld var vi to der havde dyrket de samme ærter. Det gik fint, og vi fik kun brug for det ene sæt.

DSC_0004
Testrør på is (Copyright Ingrid Nolde)

Vi blev delt i fire grupper. På den måde kunne vi nå at arbejde med alle sorterne vi havde medbragt. Efter en kort introduktion til laboratoriearbejde, brug handsker og kittel – tag dem af når du forlader laboratoriet, gik vi i gang med ærtebladene.
Så snart man skærer i bladene aktiveres de naturlige enzymer. For at hæmme dem satte vi alle prøverør i en bakke med is. Millimeter små stykker blev lagt i rørene, en opløsning af kaustisk soda blev tilsat, og rørene blev kogt 1 minut for at denaturere proteinerne. Så blendede vi bladopkoget med enden af en plasticpind og tilsatte en opløsning der bragte pH-værdien ned på et ønsket niveau. For at skille DNA fra resten af bladsuppen blev rørene centrifugeret.

DSC_0013
Ærtebladsuppen nederst, DNA ligger øverst i den klare del af væsken (Copyright Ingrid Nolde)

Nu kunne vi flytte det rensede DNA over i nye prøverør, stadig sat i is.
Så var det tid at blande væsker med primer for de DNA stumper vi ville finde. Vi ledte efter 6 forskellige microsatelitter. Microsatelitter er gode til at se forskel mellem sorter i en art. En primer finder DNA sekvensen umiddelbart før microsatellitten, så DNA-strengen klippes over det ønskede sted. Der bruges en primer til hver ende af microsatelitten, da den jo skal “klippes fri” i begge ender. I væsken tilsættes også Taq-DNA-Polymerase, et enzym der kopierer DNA ved bestemte temperaturer.

DSC_0019
Vi brugte pipetter i flere timer. Selv med multipipetter var der nok at se til (Copyright Ingrid Nolde)

Herefter gennemgik prøverørene gentagne temperaturskift mellem
94°, hvor DNA-strengen adskilles,
64-55°, hvor primeren binder til DNA-strengen, og
72°, hvor Taq-DNA-Polymerase kopierer DNA-strengen fra primeren og frem (microsatelitten kopieres).
Ved de gentagne temperaturskift fik vi opformeret den udvalgte microsatellit eksponentielt. De første gentagelser gav kun ganske lidt materiale, men for hver gentagelse var der mere materiale at kopiere. Lige som med renters rente, hvis det var penge. Eller formeringen af gær i en brøddej.

Til sidst lod vi et elektrisk felt trække microsatelitterne op gennem en sej væske i kapillærtynde rør. Et farvestof var koblet på microsatelitterne, så en fotocelle sidst i kapillærrørene kunne registrere hvor hurtigt de passerede forbi. Små microsatelitter vandrer hurtigere igennem kapilærrørene end større.

DSCN4579
Første præsentation resultatet

På billedet ses de vandrette bånd, der hver repræsenterer et ærteblad. De små lodrette bånd er microsatelitter. De røde lodrette bånd markerer en skala, så vi ved, hvor store microsatelitterne er.
Jihad og Gunter lavede analysearbejdet søndag morgen, inden vi andre mødte op – tusind tak!

DSCN4581
Det var optimalt at gruppere ærterne i 7 grupper

Resultaterne er på vej i en e-mail. Jeg glæder mig til i fred og ro at dykke længere ned i resultaterne. Mon ikke jeg så har lidt mere at skrive om?

Stor tak til både Gunter og Jihad for en lære- og udbytterig weekend 🙂

PS: Jeg er en glad amatør. Er der fejl i det tekniske, så efterlad gerne en kommentar 🙂


Flattr this

DSCN4086
Tre flotte hvidløgsfletninger

Frøsamlernes hvidløgskonkurrence fandt sted i august. Heldigvis er nogle bloggere mere aktuelle end jeg er for tiden. ‘Vild med have’ leverede en dejlig post allerede dagen efter – jeg nød den! Nu skal du så få min version.

DSCN4083
Pointtavlen for største hvidløg – 1 point pr. gram

Hvidløgene kunne stille i fire klasser.

Største hvidløg blev vundet af et “DR Friland”, dyrket af Merete.

Hvideste hvidløg blev vundet af et “Grethes Supermarked” dyrket af Kirsten.

Mørkeste røde hvidløg blev vundet af et “Bodils Fransk Marked” dyrket af Søren.

Smukkeste hvidløgsranke var “Nettos Ekstrahvide” flettet af Ejvind og kæreste.

Vi konkurrerer med et glimt i øjet, og det er tydeligt, når det gælder farver og ranker. Da vægten var fremme blev der udvist stor omhu. Stænglerne blev nøje afmålt til 4 cm og kontrolleret, ligesom rødder blev klippet til 1 cm og børstet rene for jord med en gammel tandbørste. Det var ikke let at snyde her!

Hidtil har ‘Estisk Rød’ været eneste der for alvor kunne konkurrere på størrelse. I år kom en ny spiller på banen, “DR Friland”, og slog det nærmeste ‘Estisk Rød’ med 9 gram. De ligner hinanden så meget, at jeg mistænker, at det er samme klon. Det skal blive spændende at se i fremtiden, om “DR Friland” kan holde forspringet.

Den opmærksomme læser har allerede opdaget det – mit ‘Estisk Rød’ hvidløg står øverst på tavlen, men er det næst mindste hvidløg. Ja, faktisk har alle andre et større hvidløg end jeg (nogle stillede op med to hvidløg). Der er lang vej endnu fra 100 gram op til noget der kan vinde 😉 og så er det godt med et glimt i øjet.

DSCN4088
Hvidløgene skal smages

I år skulle vi også smage på hvidløgene. De udvalgte sorter blev ‘Estisk Rød’, ‘Red Toch’, “Aleksander Tjetanov”, “Nettos Ekstrahvide”, og så var der Meretes hjemmesyltede hvidløg. Til at rense munden mellem de forskellige sorter var der brød, olivenolie og persille. De rå hvidløg var skåret ud i tynde skiver, så man kunne snuppe en skive med en tandstikker.

Hvidløg smager forskelligt. Men så forskelligt kom alligevel bag på mig. Vi mennesker oplever også smagen meget forskelligt. Da vi ikke skrev vores smagsoplevelser ned, kan jeg ikke systematisere dem.

Dette er min sortering, fra mildt til stærkt.
“Nettos Ekstrahvide”> – Ekstremt mildt hvidløg – skuffende mildt.
‘Red Toch’ – Mildt og nøddeagtigt, fantastisk dybde i smagen – jeg hørte andre gyse, da de syntes det var meget stærkt
‘Estisk Rød’ – Dejligt stærkt og klart i smagen
“Aleksander Tjetanov” – Først stærkt, efterfulgt af en mild pause, inden det brændte igennem igen med en meget stærk, næsten tåretrækkende, krystalklar hvidløgssmag

Vi var vist heldige at få hele spændet med i hvidløgenes smag!
Personligt var jeg heldig at få et løg af ‘Red Toch’ med hjem.
Og til dem der gerne vil spise hvidløg, men er bange for at det bliver for stærkt, så er “Nettos Ekstrahvide” lige sagen. Det er dog ikke sikkert det samme hvidløg kan købes i Netto igen i år!

Stor tak til året værter, Merete og hendes mand.

Nu hvor jeg har set korn på Mørdrupgård, og selv dyrker lidt nøgenbyg, fik jeg lyst til at gøre opmærksom på Anders Borgens Youtube video hvor han viser lidt rundt i sine avlsprojekter. Sproget er engelsk. Varighed 9 min. God fornøjelse 🙂

DSCN3469
Bede (Beta vulgaris) Prizewinner

Så er Frøsamlernes frøliste for 2010 udkommet. Som altid er der mange sjældne og spændende sorter, som medlemmerne har samlet frø af i deres haver.

Kender du Overflødighedshorn-Krop, der også kaldes Algiersalat (Fedia cornucopiae)?

Eller Spinatranke (Hablitzia tamnoides), en klatreplante fra Kaukasus, den nok bliver en tilbagevendede gæst på byttelisten. Den smager i øvrigt glimrende.

59 tomatsorter i alle farver og størrelser skal jeg vælge imellem!

”Lost crops of the Incas” har i år sin egen gruppering, med Amerikansk kartoffelbønne (Apios americana), 3 typer Mashua, (Añu, Knold-nasturtium, Tropæolum tuberosum), 2 typer Oca (Oxalis tuberosa) og Yacon (Polymnia sonchifolia).

Der er heldigvis også frø til en masse gammelkendte afgrøder, og mange historiske sorter.

Jeg kan kun opfordre til at læse listen igennem. Man kan dog kun bestille frø, hvis man er medlem af Frøsamlerne. Det er nu heller ikke så dyrt, kun 130,- årligt.

« Forrige sideNæste side »