Hovedkoordinat-analyse af gamle danske ærter
Hovedkoordinat-analyse af gamle danske ærter
(klik på billedet for at se de mere tydeligt)

Så blev jeg endelig færdig med at skrive på en lille rapport om de gamle ærter i laboratoriet.
Rapporten ligger her: 2010 Resultat af ærteforsøg (DNA)

Når man læser resultaterne, så er det altafgørende at forstå, at vi med denne undersøgelse kan afgøre, om nogle af ærterne er genetisk forskellige, men vi kan ikke afgøre om de er genetisk ens. Vi har jo kun undersøgt nogle små bidder af det samlede DNA.
De ærter der ser ens ud, er enten identiske eller forskellige, vi ved det ikke!

Øverst er vist hovedkoordinat-analysen. Den giver et godt visuelt billede af spredningen i vores sorter. Der var lagt nogle gamle svenske sorter ind, da de er blevet undersøgt tidligere. Det giver nogle referencepunkter til tidligere undersøgelser.

Hovedkoordinat-analysen bygger selvfølgelig på nogle meget konkrete data, nemlig længden af de mikrosatellitter vi undersøgte.


Tabel. Viser længden af hver mikrosatellit.

Mikrosatellitterne vi målte har bogstavnavne. A9 – D21 – AC58 – C20 – AA5 – AC75. Vi undersøgte 6 forskellige, men den ene ville ikke fungere, den anden var helt ens i alle sorterne, og derfor uinteressant. De sidste fire viste forskelle. Hver mikrosatellit blev målt to gange.

Jeg ender med at konkludere:

Der er altså sorter, som vi nu ved er forskellige fra alle andre.
Der er også grupper af sorter, hvor vi bør undersøge, om vi f.eks. kan finde fænotypiske forskelle. Det er en stor fordel, at det nu er klart afgrænset, hvilke sorter der skal sammenlignes ved f.eks. dyrkningsforsøg. Der er nok også sorter, der er identiske med hinanden. Det er dog ikke noget der kan afklares ved dette forsøg, som kun egner sig til at finde forskelle i de 4 områder (mikrosatellitter) vi fik brugbare resultater fra. Om de er identiske i mange flere mikrosatellitter kan vi ikke vide, før vi laver et nyt forsøg!

Læs videre i rapporten 2010 Resultat af ærteforsøg (DNA)

Se også den excel fil vi fik tilsendt. Det er lidt mere krævende læsning 🙂


Flattr this

Reklamer

DSC_0001-2
Ærteskud af gamle sorter i laboratoriet på KU-Life (Copyright Ingrid Nolde)

Sidste weekend var jeg med Frøsamlerne inde i laboratoriet på Institut for Jordbrug og Økologi (Landbohøjskolen). Gunter Backes og Jihad Orabi ledte os igennem en undersøgelse af vores gamle ærtesorter. Det blev en fantastisk og lærerig weekend!

Som forberedelse havde vi dyrket ærter i 3-4 uger, så de var klar til analyse. Vi skulle bruge blade, der ikke havde fået for meget lys. Klorofyl kan gøre det vanskeligere at udtrække DNA materialet fra resten af bladvævet. For en sikkerheds skyld var vi to der havde dyrket de samme ærter. Det gik fint, og vi fik kun brug for det ene sæt.

DSC_0004
Testrør på is (Copyright Ingrid Nolde)

Vi blev delt i fire grupper. På den måde kunne vi nå at arbejde med alle sorterne vi havde medbragt. Efter en kort introduktion til laboratoriearbejde, brug handsker og kittel – tag dem af når du forlader laboratoriet, gik vi i gang med ærtebladene.
Så snart man skærer i bladene aktiveres de naturlige enzymer. For at hæmme dem satte vi alle prøverør i en bakke med is. Millimeter små stykker blev lagt i rørene, en opløsning af kaustisk soda blev tilsat, og rørene blev kogt 1 minut for at denaturere proteinerne. Så blendede vi bladopkoget med enden af en plasticpind og tilsatte en opløsning der bragte pH-værdien ned på et ønsket niveau. For at skille DNA fra resten af bladsuppen blev rørene centrifugeret.

DSC_0013
Ærtebladsuppen nederst, DNA ligger øverst i den klare del af væsken (Copyright Ingrid Nolde)

Nu kunne vi flytte det rensede DNA over i nye prøverør, stadig sat i is.
Så var det tid at blande væsker med primer for de DNA stumper vi ville finde. Vi ledte efter 6 forskellige microsatelitter. Microsatelitter er gode til at se forskel mellem sorter i en art. En primer finder DNA sekvensen umiddelbart før microsatellitten, så DNA-strengen klippes over det ønskede sted. Der bruges en primer til hver ende af microsatelitten, da den jo skal “klippes fri” i begge ender. I væsken tilsættes også Taq-DNA-Polymerase, et enzym der kopierer DNA ved bestemte temperaturer.

DSC_0019
Vi brugte pipetter i flere timer. Selv med multipipetter var der nok at se til (Copyright Ingrid Nolde)

Herefter gennemgik prøverørene gentagne temperaturskift mellem
94°, hvor DNA-strengen adskilles,
64-55°, hvor primeren binder til DNA-strengen, og
72°, hvor Taq-DNA-Polymerase kopierer DNA-strengen fra primeren og frem (microsatelitten kopieres).
Ved de gentagne temperaturskift fik vi opformeret den udvalgte microsatellit eksponentielt. De første gentagelser gav kun ganske lidt materiale, men for hver gentagelse var der mere materiale at kopiere. Lige som med renters rente, hvis det var penge. Eller formeringen af gær i en brøddej.

Til sidst lod vi et elektrisk felt trække microsatelitterne op gennem en sej væske i kapillærtynde rør. Et farvestof var koblet på microsatelitterne, så en fotocelle sidst i kapillærrørene kunne registrere hvor hurtigt de passerede forbi. Små microsatelitter vandrer hurtigere igennem kapilærrørene end større.

DSCN4579
Første præsentation resultatet

På billedet ses de vandrette bånd, der hver repræsenterer et ærteblad. De små lodrette bånd er microsatelitter. De røde lodrette bånd markerer en skala, så vi ved, hvor store microsatelitterne er.
Jihad og Gunter lavede analysearbejdet søndag morgen, inden vi andre mødte op – tusind tak!

DSCN4581
Det var optimalt at gruppere ærterne i 7 grupper

Resultaterne er på vej i en e-mail. Jeg glæder mig til i fred og ro at dykke længere ned i resultaterne. Mon ikke jeg så har lidt mere at skrive om?

Stor tak til både Gunter og Jihad for en lære- og udbytterig weekend 🙂

PS: Jeg er en glad amatør. Er der fejl i det tekniske, så efterlad gerne en kommentar 🙂


Flattr this

DSCN3835
Nøgenbyg ‘Hora’ og gråært “Errindlev ært”

Da jeg for nogle år siden begyndte at dyrke gråærter, som egentlig er markærter, så fik jeg lyst til at dyrke dem sammen med byg eller havre. Sådanne marker husker jeg ved husmandsstederne på Sydsjælland, dengang andre gik og nød de glade tressere 🙂

Jeg har forhørt mig lidt rundt omkring, og venligt gjort opmærksom på, at den dyrkningsform var til grøn høst til dyrefoder. Alligevel har jeg ikke sluppet tanken.

Byggen skal være nøgenbyg, så jeg kan spise den. Almindelig byg vil jeg kun kunne bruge til ølbrygning, og så avanceret er jeg ikke.

Gråært og byg skal passe sammen hvis de skal hjælpe hinanden. Byg kan støtte ærterne, og ærterne kan fixere kvælstof og dele med byggen. Sidste år prøvede jeg med Lollandske rosiner (gråært) og Hora. De mange slyngtråde på Lollandske rosiner var voldsomme ved byggen, som ikke var høj nok i konkurrencen med ærten. Det var OK, men tydeligt med plads til forbedring.

I år har jeg så prøvet Errindlev ært sammen med Hora, og den sidder vist lige i øjet. Byggens aks stikker fint op over ærterne. Ærternes slyngtråde er ikke for vildsomme, og bladene lukker af for ukrudt i bunden.

Til Lollandske rosiner prøver jeg at finde en anden byg. I år prøver jeg Gängel,en svensk sort, som skulle være ret højtvoksende.

Nøgenbyg er en af de gamle nordiske råvarer, som har været glemt i mange år. Det er synd, for den smager skønt. Kogt nøgenbyg med lidt smør smager i retning af søde majs.

DSCN3841
Slyngtrådene på Lollandske rosiner er ganske kraftige.
Hvad er det man siger om ærtehalm?

Ps. “marken” er ca. 1 m2


Flattr this

DSCN1997B
Gråært ‘Lollandske rosiner’

Så fik jeg endelig kogt en portion gråærter af sorten ‘Lollandske rosiner’. Gråærter var basiskost i Danmark, indtil kartoflen kom ind i det danske køkken. Siden er de gået i glemmebogen. For at forstå hvordan man tilbereder gråærter måtte jeg ty til Madam Mangors opskrifter. Men der bor en lille anarkist i mit indre, der altid får mig til at gøre noget lidt andet end opskriften siger.

DSCN1983
Kogte gråærter anden dag.

Jeg satte ærterne i blød i vand der dækkede godt natten over. Så skiftede jeg vandet og kogte ærterne op, tilsatte en knivsspids tvekulsurt natron og kogte dem sagte i 2 timer. Nu var ærterne møre og dejlige som de lå der i egen sovs. Gad vide om gråærter har lagt grunden til den danske brune sovs? Næste dag var sovsen blevet gele, men den smeltede hurtigt da jeg kogte ærtene igennem. De var kun endnu bedre på andendagen. Smagen var god, ja langt bedre end gule ærter. Og så er der det med luft – de grå ærter forårsagede ikke luft i maven.
Jeg håber man en dag vil kunne købe gråærter i supermarkedet, for det er en dejlig spise.

PS. Tak til Poul der har reddet denne sort, og tak til Kirsten der dyrkede denne store portion.

pea1647
Tørrede ærtefrø af Golden Sweet

Efter de fem lilla ærtefrø jeg fandt i én bælg sidste år, er der kun kommet én bælg med lilla frø. Den bælg var hårdt angrebet af orm, så jeg kunne kun redde ét frø. Planterne var helt igennem sortstypiske for Golden Sweet.
Min foreløbige konklusion er, at de lilla frø nok ikke er genetisk anderledes end de andre frø. Der er nok snarere tale om en reaktion på nogle klimatiske faktorer.
Mon ikke at jeg sår det lilla frø ud næste år, for at se hvad der sker. Umiddelbart forventer jeg ikke at se nogle lilla ærter, men hvem ved?

BiskopensGraaaert1085
markært ‘Biskopens gråært’

På frøkurset blev der byttet frø i stor stil de første aften (og i pauserne de følgende dage). Jeg har lyst til at præsentere nogle af mine nyanskaffelser.

‘Biskopens gråært’ er en af de få ærtesorter med helt lilla frø. Det er en gråært, den gammeldags markært som var basiskost i norden i ældre tid. Nu hvor vi har fået hungersnød på afstand skal gråærterne genopdages kulinarisk. Nu hvor det nordiske køkken er moderne håber jeg en stjernekok får mod på at udforske gråærterne, for det er lykkedes at bevare en stor skat på dette område.
Dette er en svensk arvesort.

goroh1069
Russisk arvesort ‘Goroh’

Ærten ‘Goroh’ er en gammel arvesort fra Kalmutskaya regionen i Rusland. Den har hvide blomster og ret små runde grønne frø, der tørre til gult. Oprindelig fra Dr. Tatiana Veronina (Moskva), via Seed Savers Exchange og norsk frøsamler til Danmark. Det angives at den både kan spises som sukkerært og at den som tørret ært er god og hurtig at koge suppe af.

GoldofBacau1080
voksstangbønne ‘Gold of Bacau’

Denne voksstangbønne har lange brede bælge, og den er tidlig af en romano-type. Fra den nordlige rumænske by Bacau, via Seed Savers Exchange. Smagen siges at være fantastisk, så den glæder jeg mig til.

Bean04-2006 1071
Russisk buskbønne ‘Bean 04-2006’

Bean05-2006 1075
Russisk buskbønne ‘Bean 05-2006’

Disse to russiske arvesorter har Frøsamlerne fået fra Lothar Juffa i Østfriesland, Tyskland. De kommer begge fra volgatyske familier, bosat nær Omsk i Sibirien. Zarina Katharina de store indkaldte mange tyske bønder, som hun gav jord ved Volgafloden. Stalin likviderede mange, og resten flyttede han til Sibirien, hvor de har boet de siden. Begge er tidlige og yderige tørrebønner, den sidste lidt tidligere og lidt højere. Jeg er ved at udvikle en svaghed for volgatyskernes sorter, da jeg kun har gode erfaringer med dem – de har stået deres prøve i en barsk verden.

 Golden Snow Pea variation

Til højre er de normale frø af Golden Sweet, til venstre den lilla variation.

Jeg hoppede lidt i stolen, da jeg åbnede bælgen med disse fem lilla ærter.
Da planten, og form og størrelse på frøet er normalt for Golden Sweet tror jeg det er en sport (spontan mutation) og ikke en krydsning. For at finde ud af det, vil jeg så de lille frø for sig, men så tæt på Golden Sweet, at jeg kan sammenligne dem.

Ville det ikke være interessant med en lilla ært i en gul bælg, især hvis den smager godt og er produktiv?