Hovedkoordinat-analyse af gamle danske ærter
Hovedkoordinat-analyse af gamle danske ærter
(klik på billedet for at se de mere tydeligt)

Så blev jeg endelig færdig med at skrive på en lille rapport om de gamle ærter i laboratoriet.
Rapporten ligger her: 2010 Resultat af ærteforsøg (DNA)

Når man læser resultaterne, så er det altafgørende at forstå, at vi med denne undersøgelse kan afgøre, om nogle af ærterne er genetisk forskellige, men vi kan ikke afgøre om de er genetisk ens. Vi har jo kun undersøgt nogle små bidder af det samlede DNA.
De ærter der ser ens ud, er enten identiske eller forskellige, vi ved det ikke!

Øverst er vist hovedkoordinat-analysen. Den giver et godt visuelt billede af spredningen i vores sorter. Der var lagt nogle gamle svenske sorter ind, da de er blevet undersøgt tidligere. Det giver nogle referencepunkter til tidligere undersøgelser.

Hovedkoordinat-analysen bygger selvfølgelig på nogle meget konkrete data, nemlig længden af de mikrosatellitter vi undersøgte.


Tabel. Viser længden af hver mikrosatellit.

Mikrosatellitterne vi målte har bogstavnavne. A9 – D21 – AC58 – C20 – AA5 – AC75. Vi undersøgte 6 forskellige, men den ene ville ikke fungere, den anden var helt ens i alle sorterne, og derfor uinteressant. De sidste fire viste forskelle. Hver mikrosatellit blev målt to gange.

Jeg ender med at konkludere:

Der er altså sorter, som vi nu ved er forskellige fra alle andre.
Der er også grupper af sorter, hvor vi bør undersøge, om vi f.eks. kan finde fænotypiske forskelle. Det er en stor fordel, at det nu er klart afgrænset, hvilke sorter der skal sammenlignes ved f.eks. dyrkningsforsøg. Der er nok også sorter, der er identiske med hinanden. Det er dog ikke noget der kan afklares ved dette forsøg, som kun egner sig til at finde forskelle i de 4 områder (mikrosatellitter) vi fik brugbare resultater fra. Om de er identiske i mange flere mikrosatellitter kan vi ikke vide, før vi laver et nyt forsøg!

Læs videre i rapporten 2010 Resultat af ærteforsøg (DNA)

Se også den excel fil vi fik tilsendt. Det er lidt mere krævende læsning 🙂


Flattr this

Reklamer

DSC_0001-2
Ærteskud af gamle sorter i laboratoriet på KU-Life (Copyright Ingrid Nolde)

Sidste weekend var jeg med Frøsamlerne inde i laboratoriet på Institut for Jordbrug og Økologi (Landbohøjskolen). Gunter Backes og Jihad Orabi ledte os igennem en undersøgelse af vores gamle ærtesorter. Det blev en fantastisk og lærerig weekend!

Som forberedelse havde vi dyrket ærter i 3-4 uger, så de var klar til analyse. Vi skulle bruge blade, der ikke havde fået for meget lys. Klorofyl kan gøre det vanskeligere at udtrække DNA materialet fra resten af bladvævet. For en sikkerheds skyld var vi to der havde dyrket de samme ærter. Det gik fint, og vi fik kun brug for det ene sæt.

DSC_0004
Testrør på is (Copyright Ingrid Nolde)

Vi blev delt i fire grupper. På den måde kunne vi nå at arbejde med alle sorterne vi havde medbragt. Efter en kort introduktion til laboratoriearbejde, brug handsker og kittel – tag dem af når du forlader laboratoriet, gik vi i gang med ærtebladene.
Så snart man skærer i bladene aktiveres de naturlige enzymer. For at hæmme dem satte vi alle prøverør i en bakke med is. Millimeter små stykker blev lagt i rørene, en opløsning af kaustisk soda blev tilsat, og rørene blev kogt 1 minut for at denaturere proteinerne. Så blendede vi bladopkoget med enden af en plasticpind og tilsatte en opløsning der bragte pH-værdien ned på et ønsket niveau. For at skille DNA fra resten af bladsuppen blev rørene centrifugeret.

DSC_0013
Ærtebladsuppen nederst, DNA ligger øverst i den klare del af væsken (Copyright Ingrid Nolde)

Nu kunne vi flytte det rensede DNA over i nye prøverør, stadig sat i is.
Så var det tid at blande væsker med primer for de DNA stumper vi ville finde. Vi ledte efter 6 forskellige microsatelitter. Microsatelitter er gode til at se forskel mellem sorter i en art. En primer finder DNA sekvensen umiddelbart før microsatellitten, så DNA-strengen klippes over det ønskede sted. Der bruges en primer til hver ende af microsatelitten, da den jo skal “klippes fri” i begge ender. I væsken tilsættes også Taq-DNA-Polymerase, et enzym der kopierer DNA ved bestemte temperaturer.

DSC_0019
Vi brugte pipetter i flere timer. Selv med multipipetter var der nok at se til (Copyright Ingrid Nolde)

Herefter gennemgik prøverørene gentagne temperaturskift mellem
94°, hvor DNA-strengen adskilles,
64-55°, hvor primeren binder til DNA-strengen, og
72°, hvor Taq-DNA-Polymerase kopierer DNA-strengen fra primeren og frem (microsatelitten kopieres).
Ved de gentagne temperaturskift fik vi opformeret den udvalgte microsatellit eksponentielt. De første gentagelser gav kun ganske lidt materiale, men for hver gentagelse var der mere materiale at kopiere. Lige som med renters rente, hvis det var penge. Eller formeringen af gær i en brøddej.

Til sidst lod vi et elektrisk felt trække microsatelitterne op gennem en sej væske i kapillærtynde rør. Et farvestof var koblet på microsatelitterne, så en fotocelle sidst i kapillærrørene kunne registrere hvor hurtigt de passerede forbi. Små microsatelitter vandrer hurtigere igennem kapilærrørene end større.

DSCN4579
Første præsentation resultatet

På billedet ses de vandrette bånd, der hver repræsenterer et ærteblad. De små lodrette bånd er microsatelitter. De røde lodrette bånd markerer en skala, så vi ved, hvor store microsatelitterne er.
Jihad og Gunter lavede analysearbejdet søndag morgen, inden vi andre mødte op – tusind tak!

DSCN4581
Det var optimalt at gruppere ærterne i 7 grupper

Resultaterne er på vej i en e-mail. Jeg glæder mig til i fred og ro at dykke længere ned i resultaterne. Mon ikke jeg så har lidt mere at skrive om?

Stor tak til både Gunter og Jihad for en lære- og udbytterig weekend 🙂

PS: Jeg er en glad amatør. Er der fejl i det tekniske, så efterlad gerne en kommentar 🙂


Flattr this