DSC_0001-2
Ærteskud af gamle sorter i laboratoriet på KU-Life (Copyright Ingrid Nolde)

Sidste weekend var jeg med Frøsamlerne inde i laboratoriet på Institut for Jordbrug og Økologi (Landbohøjskolen). Gunter Backes og Jihad Orabi ledte os igennem en undersøgelse af vores gamle ærtesorter. Det blev en fantastisk og lærerig weekend!

Som forberedelse havde vi dyrket ærter i 3-4 uger, så de var klar til analyse. Vi skulle bruge blade, der ikke havde fået for meget lys. Klorofyl kan gøre det vanskeligere at udtrække DNA materialet fra resten af bladvævet. For en sikkerheds skyld var vi to der havde dyrket de samme ærter. Det gik fint, og vi fik kun brug for det ene sæt.

DSC_0004
Testrør på is (Copyright Ingrid Nolde)

Vi blev delt i fire grupper. På den måde kunne vi nå at arbejde med alle sorterne vi havde medbragt. Efter en kort introduktion til laboratoriearbejde, brug handsker og kittel – tag dem af når du forlader laboratoriet, gik vi i gang med ærtebladene.
Så snart man skærer i bladene aktiveres de naturlige enzymer. For at hæmme dem satte vi alle prøverør i en bakke med is. Millimeter små stykker blev lagt i rørene, en opløsning af kaustisk soda blev tilsat, og rørene blev kogt 1 minut for at denaturere proteinerne. Så blendede vi bladopkoget med enden af en plasticpind og tilsatte en opløsning der bragte pH-værdien ned på et ønsket niveau. For at skille DNA fra resten af bladsuppen blev rørene centrifugeret.

DSC_0013
Ærtebladsuppen nederst, DNA ligger øverst i den klare del af væsken (Copyright Ingrid Nolde)

Nu kunne vi flytte det rensede DNA over i nye prøverør, stadig sat i is.
Så var det tid at blande væsker med primer for de DNA stumper vi ville finde. Vi ledte efter 6 forskellige microsatelitter. Microsatelitter er gode til at se forskel mellem sorter i en art. En primer finder DNA sekvensen umiddelbart før microsatellitten, så DNA-strengen klippes over det ønskede sted. Der bruges en primer til hver ende af microsatelitten, da den jo skal “klippes fri” i begge ender. I væsken tilsættes også Taq-DNA-Polymerase, et enzym der kopierer DNA ved bestemte temperaturer.

DSC_0019
Vi brugte pipetter i flere timer. Selv med multipipetter var der nok at se til (Copyright Ingrid Nolde)

Herefter gennemgik prøverørene gentagne temperaturskift mellem
94°, hvor DNA-strengen adskilles,
64-55°, hvor primeren binder til DNA-strengen, og
72°, hvor Taq-DNA-Polymerase kopierer DNA-strengen fra primeren og frem (microsatelitten kopieres).
Ved de gentagne temperaturskift fik vi opformeret den udvalgte microsatellit eksponentielt. De første gentagelser gav kun ganske lidt materiale, men for hver gentagelse var der mere materiale at kopiere. Lige som med renters rente, hvis det var penge. Eller formeringen af gær i en brøddej.

Til sidst lod vi et elektrisk felt trække microsatelitterne op gennem en sej væske i kapillærtynde rør. Et farvestof var koblet på microsatelitterne, så en fotocelle sidst i kapillærrørene kunne registrere hvor hurtigt de passerede forbi. Små microsatelitter vandrer hurtigere igennem kapilærrørene end større.

DSCN4579
Første præsentation resultatet

På billedet ses de vandrette bånd, der hver repræsenterer et ærteblad. De små lodrette bånd er microsatelitter. De røde lodrette bånd markerer en skala, så vi ved, hvor store microsatelitterne er.
Jihad og Gunter lavede analysearbejdet søndag morgen, inden vi andre mødte op – tusind tak!

DSCN4581
Det var optimalt at gruppere ærterne i 7 grupper

Resultaterne er på vej i en e-mail. Jeg glæder mig til i fred og ro at dykke længere ned i resultaterne. Mon ikke jeg så har lidt mere at skrive om?

Stor tak til både Gunter og Jihad for en lære- og udbytterig weekend 🙂

PS: Jeg er en glad amatør. Er der fejl i det tekniske, så efterlad gerne en kommentar 🙂


Flattr this

Reklamer

DSCN2739
Skovløg (Allium scorodoprasum) over purløg (Allium schoenoprasum)

På en tur til jylland fik jeg chancen for at se haven hos Inge Lise og Brian. Brian har flere havesider, Gourmethaven og Potager.dk – smuk køkkenhave.
Det smukke bed med skovløg med en bund af purløg gik lige i hjertet på mig. Haven er alsidig, med både blomsterbede, køkkenhave og to drivhuse.

DSCN2740
Køkkenhaven er anlagt i praktiske højbede

Haven har mange små praktiske detaljer. Bemærk f.eks. sollampen ved højbedene. Den bliver nyttig, når man skal finde lidt grønt til maden ude i efterårsmørket efter en lang arbejdsdag. Kompostbunken er placeret midt i haven, så den er let at komme til. Ikke noget med at gemme den af vejen. Det viser, at man i haven forstår at værdsætte komposten. Vi burde vel alle sætte kompostbunken på havens hædersplads, et klart og fint signal.

DSCN2745
Inge Lise og Brian ved deres spinatranke (Hablitzia tamnoides)

Den specialitet der står allerflottest i haven lige nu er spinatranken. Det er en slyngplante fra Kaukasus, hvor bladene om foråret-forsommeren spises som spinat. Smagen er mere rund og fyldig. Planten er svær at skaffe, men gennem Frøsamlerne har man i år kunne få frø. Den står meget flot hos Inge Lise og Brian, det er ikke altid den trives så godt i danske haver. Nu håber vi det er en plante der vil trives de næste mange år på samme sted. Det er en gammel nytteplante, der gik i glemsel for hundrede år siden. Den har dog klaret sig bl.a. i Estland, og nu kommer den så tilbage til Danmark.

DSCN2743
Spinatranke med blomsterstand

Spinatranke er beslægtet med stolt-henriks gåsefod, som det ses både på blade og blomst. Den stammer fra skovområder, hvor den slynger sig op i træerene, derfor skal det nederste af planten ikke stå i den stærkeste sol.

DSCN2738
Gul iris (Iris pseudacorus)

Den gule iris har fået en lidt tør plads. Sumpplanten reagerer ved at lave kortere blade. Derfor træder blomsterne meget tydeligt frem i Inge Lise og Brians have. Det er da værd at efterligne.

Tak for et fint havebesøg!

DSCN2698
Rie og NO omgivet af sødskærm (tv.) og kvæde (th.)

Haven hvor Rie og NO udfolder sig er fuld af spændende usædvanlige ting, en rigtig frøsamlerhave. Ved hoveddøren står et tørstetræet for at citronsommefuglens larver kan finde føde. Æbletræerne består hver især af flere sorter, podet på hinanden. På den måde kan de dyrke flere af de gamle sorter på ganske lille plads. De får ikke så mange æbler af hver sort, men en rigdom af æblesorter gennem sæsonen.

DSCN2691
Kvæde Cydonia oblonga

Kvæden fangede øjeblikkeligt min opmærksomhed. På afstand lignede den en underskøn vildrose. På nært hold er de enkelte blomster også smukke. Jeg har sjældent set noget så romantisk som denne kvæde.

DSCN2700
Aubergine, peber og tomat

De sarte planter, som aubergine, peber og tomat var allerede plantet ud, og ser ud til at trives. Måske er jeg selv for pessimistisk når jeg venter til efter grundlovsdag? Det er vist første gang de har auberginer på friland, men peber og ikke mindst tomat har de mange års erfaring med.

DSCN2692
Camassia sp.

En flot klump af Camassia stod også i haven. Det er en løgplante som var værdsat af indianerne, der gravede dem op for at spise løgene. De var så elskede, at der kunne opstå krige om de enge hvor de groede. NO fortæller at den er nem og hårdfør, men smagen har de ikke prøvet endnu.

DSCN2699
Lidt af køkkenhaven

I køkkenhaven finder man hvidløg og korn (jeg har glemt hvilken art) foran kvan og sødskærm i en frodig kombination. For år tilbage har jeg selv fået hvidløgssorter fra denne have.
Efter havevandringen blev jeg budt på kvan-rabarbersaft. Det var en ualmindelig god kombination, som jeg ikke før havde smagt.
Tak for en smuk oplevelse.

Kirsten in her allotment

I dag kørte jeg forbi Kirstens nyttehave med nogle hvidløg, kartofler og frø. Hun har kun 100m² men udnytter dem fantastisk. F.eks. har achocha (hornagurk) overtaget efter de meget høje ærter. På den måde forstår hun at dyrke jorden intensivt – meget inspirerende.

Gode mennesker har været gavmilde, og skænket mig mange nye hvidløgsorter i år, men jeg får ikke plads til alle i min egen have.
Kirsten er et af de søde mennesker, der så dyrker “hittebørnene”. Ad åre finder vi så frem til de bedste hvidløg til vores haver. Anne som har en nabohave kommer lidt senere i dag, og så lægger de begge hvidløg i deres nyttehaver.

Jeg lagde også hvidløg, da jeg kom hjem, men først skulle jeg have lidt orden i mine hvidløg.

Garlic ready to set

Jeg har 31 sorter tilbage, det går vist lige at finde plads til dem. Nogle af dem jeg er fortrolig med, lægger jeg kun som yngleknopper, for så kan jeg hurtigt opformere dem igen senere. På den måde tager de meget lidt plads.

Cats or garlic

Efterhånden som jorden bliver bedre, bliver den også mere løs. Det elsker kvarterets katte at grave i, med risiko for at de roder rundt i hvidløgene. For ikke at stå med problemet, håber jeg at have forebygget det med et net.

I løbet af næste uge vil jeg sprede noget organisk gødning, så rødderne straks har noget at arbejde med.